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GAMESS简易编译教程

GAMESS是一款历史悠久、免费开源的量子化学软件,现今最流行的分支是GAMESS-US(下文简称GAMESS),该程序的最新版可在量化大佬Mark Gordon课题组主页 https://www.msg.chem.iastate.edu/gam...

南京大学《量子化学》慕课在线课程第三次开课

南京大学《量子化学》在线课程明天(2021年9月6日)第三次开课,由黎书华、李伟、马晶三位老师主讲,课程地址如下: https://www.icourse163.org/course/NJU-1462082163......

09/05 15:34
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使用EzReson确定多环芳烃最合理的结构式

化学共振理论的一大用处就是确定有机化合物最合理的结构式,这对于共轭分子尤为重要,因为可能存在不止一种满足电子八隅律的结构式画法。例如,萘分子可以画出三种可能的Kekulé结构式(即只...

08/23 17:52
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用Psi4计算RESP电荷

1. RESP电荷计算 有很多不同方案能把分子的电荷分布投射到原子上,例如Mulliken、Löwdin以及NPA电荷等。有一类基于拟合静电势的电荷,如CHELPG、Merz-Kollman (MK)和RESP电荷。RESP电荷因在...

新书推荐:《Atkins'物理化学》第11版中译本

Atkins' Physical Chemistry应该说是世界上最经典的物理化学教材之一,从再版的数目可以看出。国内大部分的物理化学教材主要包括传统热力学和动力学两部分,而物理化学所包括的内容实际上远不...

JPC Viewpoint——修改稿件:让大家都满意

近期,J. Phys. Chem.发表了三篇关于投稿、审稿、回稿方面的观点文章,由JPC的编辑撰写,第一篇是关于如何选择审稿人(J. Phys. Chem. C 2021, 125, 27, 14493–14494),第二篇是关于如何审...

08/15 11:58
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离线安装量子化学软件Dalton

Dalton是一款开源免费的量子化学程序,主要特色是支持一大堆性质的计算,例如DFT下的二次响应计算(常规TDDFT计算仅是线性相应),MCSCF波函数下的核磁NMR计算等等,以及各类激发态方法。当然...

量子化学程序OpenMolcas的简易安装

本公众号之前发过《离线编译OpenMolcas+QCMaquis》一文,成功安装后可进行DMRG-NEVPT2和DMRG-PDFT计算。但其中需要编译QCMaquis、 HDF5、GSL和Boost库,过程颇为繁琐。笔者发现有的小伙伴不需...

Colab中使用AlphaFold2

AlphaFold与Colab AlphaFold是一个预测蛋白质三维空间结构的深度学习模型。据开发者介绍,用户只需要给出蛋白质序列,这个模型能给出“原子精度”(Atomic accuracy)级别的预测。模型刚刚开...

用ORCA计算旋轨耦合矩阵元

一、理论简介 旋轨耦合的理论涉及相对论量子力学,此处仅以定性的形式粗略介绍相关背景。相对论效应是指进行电子结构计算时Dirac方程与Schrödinger方程这两个理论模型之间的差别。Dirac于1...

ORCA 5.0.1发布

在ORCA 5.0发布后不到一个月,根据用户的反馈,ORCA官方迅速修复了一些bug,目前已经发布5.0.1版本,可在ORCA官方论坛下载最新版本的程序和手册。 在《ORCA 5.0安装及运行》一文发出后,不少...

07/24 09:44
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GPU版GAMESS的快速安装

本文讲介绍如何用容器技术(Docker)快速安装GPU版GAMESS,并演示如何进行实际计算。 1. GPU版本的GAMESS GPU版GAMESS其实是加装了量子化学计算库LibCChem的GAMESS。据介绍,LibCChem库只承担...

07/07 15:11
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ORCA 5.0安装及运行

ORCA官方于2021年7月1日发布了5.0版本,前期从ORCA论坛上来看,有不少同行都非常期待。除了昨天的线上发布会,今天还会有一个线上的论坛,感兴趣的朋友可以去官方论坛查看相关帖子: https:...

07/02 08:42
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3万就能买一台顶级52核服务器,别再花冤枉钱了

小编寄语:小编的服务器都购自此家。除了价格优势外,该团队多数成员是计算化学出身,软硬兼施,可以让服务器发挥最高性能,钱都花在刀刃上! 顶级铂金52核超算机时的标准价格是0.06元/核时 ...

从零开始安装CP2K 8.1 (patched with PLUMED)

CP2K安装的方法有很多(我们曾分享过CP2K 5.1版本的安装及简单介绍),笔者最近尝试在课题组新买的服务器上从源码编译安装CP2K,过程中遇到了各种问题。根据这次安装的经验,在此笔者想和大家...

06/22 19:47
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PSI4程序安装及运行

PSI4是一款用C++和Python编写的开源量子化学程序。除支持大部分常见的计算方法和任务外,PSI4还支持一些比较有特色的功能,如对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解、CCSD(T)的解析梯度等。最新的介...

【新书推荐】帅志刚教授主编《有机光电材料理论与计算》

有机光电材料是当下非常热门的研究领域,该书由帅志刚教授主编,邀请了国内从事相关研究的课题组撰写了最新的相关研究进展,最新的参考文献有2019年的,部分章节还有计算实例展示。在此推荐给...

05/27 12:22
33
XYG3泛函在常见软件中的使用方法(一)

XYG3型泛函是一类重要的双杂化泛函,包括XYG3, XYGJ-OS, XYG7等。其中XYG3泛函由张颖、徐昕和W. A. Goddard III于2009年在PNAS杂志上发表。由于这类泛函使用了不同泛函来计算密度和能量(即能...

2021山东大学青岛理论与计算科学研究院优秀大学生夏令营

为促进高校优秀大学生之间的互动与交流,激发优秀学子对理论计算科学的学习和研究兴趣,山东大学青岛理论计算与科学研究院拟于2021年7月10日至7月11日举办2021年度“全国优秀大学生夏令营”,...

05/24 16:39
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使用UniMoVib进行GSVA广义子系统振动分析

1. 引言 简谐振动分析(harmonic vibrational analysis) 是量子化学计算中一项常用的技术手段。一方面,这种振动分析可以给出红外、拉曼等振动光谱。在最常用的高斯程序中,指定关键词freq则可...

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