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AlphaFold2虽然开源了,但并非能即开即用!

AlphaFold又双叒发Nature了, 而且上即“封神”,并迅速引爆整个生物科研圈。 而最最最难能可贵的是, DeepMind团队竟还将AlphaFold2预测数据, 做成了免费开放数据集。 就问你意不意外,惊不...

07/29 19:59
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ilus: 这是我写的一个轻量级全基因组(WGS)和全外显子(WES)最佳实践分析流程生成器

全文5,593字(不含代码),5 图,阅读 35 分钟。封面图源:pexels.com -------/ START /------- 不知觉间,距离我写下第一篇关于 WGS 数据分析系列的文章已经过去了三年多(WGS系列文章),时间...

基于 Cell ID 的单细胞基因特征提取和细胞身份识别新方法

全文4,893字,9图,阅读15分钟。封面图源:pexels.com -------/ START /------- 我想给大家分享一篇今年四月份发表在 《Nature biotechnology》 上的文章,题目是 “Gene signature extracti...

碱基周报(第 005 期):人类寿命的极限

全文3,228字,9图,阅读10分钟。封面图源:pexels.com -------/ START /------- 本周话题:人类寿命的极限 上世纪60年代,美国加利福尼亚大学的老年学专家莱纳德·海弗里克用人类表皮细胞作为...

06/20 21:21
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碱基周报(第 004 期):全球十大主要基因组学项目盘点

全文 5,996 字,16图,阅读 20 分钟。 记录每周值得分享的生命科学和生物信息学进展,周日发布。 -------/ START /------- 本周话题:全球十大主要基因组学项目盘点 下面这个图片,我之前单独...

科普 | 古DNA研究如何揭示中国人的起源?

全文5,291字,阅读14分钟。本文之前未标记原创,重新补标,已读者可略。 ----/ START /---- 一个伟大故事的开端 正所谓分久必合,合久必分,地球上的陆地也一样。很久很久以前,准确地说,大...

03/21 20:06
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碱基周报(第 003 期):人类起源的故事

全文3,975字,10图,阅读15分钟。封面图源:pexels.com 记录每周值得分享的生命科学和生物信息学进展,周日发布。 -------/ START /------- 本周话题:人类起源的故事 从东非大裂谷形成直到演...

压力 vs 效率

压力真是一个神奇的东西。 直到今天上午,我的国自然竟然还是没写完!但上午十点必须要交上去审了。这个周末写的真是没效率,本来想着周末可以写完的,结果搞了两天还是有一大块没写完。昨晚...

03/15 20:37
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碱基周报(第 002 期):申请国家自然科学基金

全文3,754字,19图,阅读15分钟。封面图源:pexels.com 记录每周值得分享的生命科学和生物信息学进展,周日发布。 -------/ START /------- 本周话题:申请国家自然科学基金 这周在国内很多科...

03/07 11:00
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碱基周报(第 001 期):肝脏,一个没有痛感神经的器官

肝脏切片标记图片。 记录每周值得分享的生命科学和生物信息学进展,周日发布。 ----/ START /---- 本周话题: 肝脏,一个没有神经痛感的器官 人,没有肝脏就不能生存。 但肝脏很神奇,它是人体...

人类基因组时代的泛基因组学

全文6,627字,阅读 25 分钟。 ----/ START /---- 今天想分享一个主题:人类基因组时代的泛基因组学。主要内容源自今年《Nature Reviews Genetics》上一篇题为《Pan-genomics in the human g...

2020/09/26 21:44
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有谁和我一样,国自然五个评委意见中只有一个不赞同,但最后却还是没中的吗?

全文480字,阅读3分钟。 ----/ START /---- 今天上午国自然正式放榜了,很遗憾没有中。下午收到了评审意见,发现五个评委中只有一个持反对意见,但看出来项目是上会之后被X的,很遗憾,也很可...

2020/09/18 21:11
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基因组学中的深度学习

全文6,743字,阅读30分钟。 这一篇文章的主题是深度学习在基因组学中的应用情况的。文章较长,读完要花些时间,不过我的建议是通读第一部分——关于如何进行模型训练的内容,读完后你应该可以...

共同一作深度分享:华大基因组装出迄今最完整人类单倍体水平基因组的重要技术细节(一二)

本周二“YH二倍体分级组装”的文章终于在Nature子刊上发表了,这个做了将近五年的项目也终于完成了!所有人都舒了一口气,正如曹爷说的,万里长征终于走到头了!有幸作为其中一个主要参与者我...

2015/05/29 00:52
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【分享】YH基因组单倍体组装的重要技术细节(3-7)

这两天越来越多的同事、同学在询问文章中的诸多细节,一一回复起来着实挺累的,这迫使我再次感到把剩下的关键细节点写出来的重要性和紧迫性。 在上一篇博文中我们说到了fosmid clone的定位和...

2015/06/03 08:07
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Scikit-bio:新一代的生物信息学应用软件开发包

Scikit-bio(官方发音:sigh-kit-buy-oh) 是一个专门用于处理基因组数据的Python 开源程序包。这名字的来源估计是受Python的机器学习包:Scikit-learn的影响。从功能和风格上看应该算是Seq...

2015/06/11 00:51
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【干货】这么说,FPKM和RPKM真的是错的咯?!——关于FPKM/RPKM的深度反思

两周前,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和...

2015/08/25 02:30
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Deep Learning在生物信息学中的又一个应用

Deep Learning,现在几乎到处都能看到它的应用。看!紧随DeepBind,在生物信息中又来了一个DeepSEA——这是一个适用于表观遗传研究和应用的工具,它只从基因组的序列出发,并没用其他有关于表...

如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图

【前言】其实这篇文章是为了简单介绍一下geneview的用法,它是一个Python高级库,建立在matplotlib的基础之上,专门用于基因组数据的可视化,目的是为了使创建高大上(精致)的基因组数据图表...

2016/02/06 00:50
3.2K
【推荐】如何才能够免费获取Cell、Nature、Science等任意杂志中的文献

其实早已有人碰到了这个问题,确实有一个简单的办法,用https://sci-hub.io/ —— 这是由一个俄罗斯牛人开发的可以下载任意文献杂志的工具!只要输入你想要下载的文献链接就可以获取到该文献...

2016/03/10 13:17
1.6K

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