免疫浸润:生信论文45肺癌 引文写作

原创
2020/08/25 07:17
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引文的基本内容:介绍背景(一段或两段)、提出问题(一段),解决问题(一段或2段)。一般引文介绍3~5段。


  1. 疾病或基因的背景介绍;

  2. 前人研究的成果、现实情况,存在的问题;

  3. 阐明研究原因或意义。介绍研究的性质、范畴及其重要性,突出研究目的和待解决的科学问题;

  4. 研究方法,新发现和意义。


生信论文的背景介绍有两种通用的方式。整体而言,第二种思路的说服力稍弱。当然,最终引文呈现的效果,还是取决于写作本身。


第一种是从疾病入手,即从待研究的肿瘤说起,再介绍该肿瘤的发病率、死亡率、预后和治疗情况,从而提出科学问题,引出待研究的基因;接着介绍基因的基本信息,阐释其功能,归纳式提出该基因在肿瘤中的潜在作用。


第二种是从基因入手,即先介绍基因的基本信息,阐释其功能,在阐释说明该基因在某肿瘤中的作用尚不清楚,从而提出科学问题;接着从待研究的肿瘤说起,介绍该肿瘤的发病率、死亡率、预后和治疗情况,然后解释说该基因可能在该肿瘤中具有重要作用。


乳腺癌是女性第一大癌,肺癌是男性第一大癌,是我们生信分析的首选。

生信论文45--肺癌--引文写作


第一段,作者从STK11基因 (即LKB1,STK11=LKB1)是肿瘤抑制因子的描述直接入手,然后具体介绍其在非小细胞肺癌和肺腺癌中的研究现状。

Serine/threonine kinase 11 (STK11), also known as liver kinase B1 (LKB1), is a major tumor suppressor gene in lung cancer [1]. Many studies have demonstrated that STK11 is the most inactivated tumor suppressor gene in NSCLC [2–4]. A previous study has showed that among 107 lung adenocarcinomas analyzed, 29 (27.1%) harbored LKB1 genetic alteration [5].



既然研究这么多,还有什么可以研究的呢?第二段,作者接着阐述STK11在非小细胞肺癌中的预后价值,免疫治疗情况以及其与肺癌常见突变的关系,抛出科学问题——STK11突变与免疫相关预后指标、免疫微环境(免疫浸润)的关系(粗体字)。
Prognostic significance concerning STK11 status in NSCLC has been mostly sounded out in surgically resected tumors, where evidence concerning its role is not yet exhaustive [6]. In addition, enough attention has been paid to the immunotherapy of lung adenocarcinoma patients harbored STK11 mutation. Biton J et al. revealed TP53 mutation without co-occurring STK11 or EGFR alterations, independently of KRAS mutation, identified the group of tumors with the highest CD8 Tcell density and PD-L1 expression [7]. 
Another study by Skoulidis F identified STK11 alterations as the most prevalent genomic driver of primary resistance to PD-1 axis inhibitors in KRAS-mutant lung adenocarcinoma [8]. It is necessary to study the relationship between STK11 mutation and immune related prognosis markers and immune microenvironment. However, there are relatively few studies to focus on this issue.


第三段,作者给出解决问题的方法,只有两句话——先描述具体的分析,突变分析,相关性分析,再分析生存率的差异。引文没有结论性描述,个人认为最好有,以便于读者迅速得出关键信息。
In our present study, using the cBioPortal and TIMER database [9,10], we mainly analyze the STK11 mutation status, the relationship between STK11 mutation and immune related prognostic markers and immune microenvironment. In addition, we compare the survival difference for patients harbored STK11 mutation and none.

本文分享自微信公众号 - 芒果先生聊生信(from2019to2020)。
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