加载中
Listen开公众号啦~~

Listen.lii to listeners 2017.12.4 北京,一个无比平凡的周一晚上。经历了下午组会的洗礼,我的工作热情正处于一周中的巅峰状态。霾足饭饱后刷手机看微信公众号关于生信的文章,突然又想到了...

2017/12/04 23:10
7
文献解读—氧化石墨烯通过修饰引物-模板之间的匹配增强PCR特异性

生态中心宋茂勇课题组刚刚发表了一篇Scientific reports,内容是氧化石墨烯通过修饰引物-模板之间的匹配增强了PCR过程的特异性。 目前,基于PCR技术的扩增子高通量测序技术已经广泛应用于微生...

go
2017/12/05 20:48
0
VSEARCH vs USEARCH 还有这种操作??

上个月我们研究组创立了自己的微信公众号—微生态笔记。首发文章解读了发表在Nature上的一篇文章,Nature: 地球微生物组计划首发成果。其中在数据处理部分,利用比较新的降噪方法Deblur得到O...

2017/12/06 18:51
1
浅谈Mock community

读文献的时候经常能在材料方法中看到“mock community”,这篇文章就简单说一说。Mock community是指将一些已知微生物的DNA进行定量并混合成的模拟群落。构建mock community有两种基本策略: ...

2017/12/07 19:08
0
OTU or zOTU or sOTU or seq table, Which will rule microecology?

本文已于昨天首发于组内公众号—微生态笔记。作者就是我本人0.0 前言 利用聚类 (Clustering) 得到OTU的方法近些年已经广泛应用于扩增子高通量测序数据的分析过程中。经典的Uparse就是通过序列...

2017/12/09 09:56
0
文献解读 —— 白话epic-PCR

背景 ‘Who is doing what’ 是微生物生态学领域及其重要的问题。16S rRNA基因测序技术解决了“Who”,鸟枪宏基因组学技术可以部分解决“What”。但是将两者联系起来十分困难。目前将系统发育...

2017/12/11 18:49
0
搜索学术图片的正确姿势

写在前面 下周要博士开题了,这周要写开题报告和准备PPT答辩,不能每天一更了。等下周开完题再继续~ 在准备做学术报告的时候经常在背景部分需要展示一些漂亮、内容紧密相关而又让人不明觉厉的...

2017/12/12 19:17
0
文献解读—SR: 培养组学与扩增子高通量测序共同揭示人类肠道真菌群落结构

前言 本周准备开题,闲暇之余读读文献顺便分享一下。要问我一个搞环境微生物的,为什么要读肠道微生物的文章,就是因为文章中的一张图太!漂!亮!啦!只因为在pdf中多看了它一眼,于是就把整...

2017/12/17 15:09
0
文献解读——细菌群感效应最新综述

本文转载自组内公众号微生态笔记。 前言: 20世纪起,人们在微生物领域逐渐发现了类似动物之间的社会行为。例如,海洋发光细菌费氏弧菌(Vibvio fischeri)和哈氏弧菌(Vibrio harveyi)产生...

2017/12/22 17:10
0
文献解读—AEM:通过改良Illumina扩增子测序的种系特异性引物准确检测真菌群落多样性与丰度

文献简介: 今天解读的是2016年的一篇AEM,文章设计了针对ITS2区域的新的特异性引物,并通过mock community与土壤环境样本进行了验证。 研究微生物群落的时候,我们观测丰度和实际丰度总是存...

2017/12/25 21:19
5
引用昨天AEM的文章介绍

昨天分享了一篇2016年AEM的文章。今天搜索了一下目前已经有10个引用。其中8篇在背景部分,两篇用到了新的引物。以下分别简单介绍一下。 不明原因发烧的秘鲁人血清中检测到非脊椎动物的病毒核...

2017/12/26 19:58
0
《OTU or zOTU or sOTU or seq table…》文章的一点更正

这几天想用Deblur跑一下自己的数据看看结果。 在OTU or zOTU or sOTU or seq table, Which will rule microecology?这篇文章的Deblur部分,我提到Deblur之后还需要去除嵌合体。来源于原文的...

文献解读——扩增子测序中的内标法(Internal standard)

前言:前几天在微生物生态公众号上看到一篇文章:内标法测序研究生物炭对大豆土壤细菌群落的影响,对内标法进行了简单的介绍。本文在此基础上对内标法进行了更详细的介绍,同时汇总了目前引用...

兴趣变任务——此之谓失我本心

说说这段时间的感想吧~ 2017.12.4号,我开通了自己的公众号,并发出来了第一篇文章Listen开公众号啦。当时还信誓旦旦的要每天写一篇。但是直到今天共36天,也才只写出了15篇。期间总是被各种...

2018/01/09 22:50
0
文献解读—mSphere:又双叒叕出新ITS1引物了!

这几天在微生物生态公众号看到了几篇比较相关的文章,但是介绍的比较简单,我挑出来感兴趣的再mark一下。 下面这一段来自于微生物生态公众号: mSphere是美国微生物协会(ASM)的新刊,收录的主...

2018/01/09 22:50
0
文献解读—ISME:在标记基因数据分析中应该用序列变异替代OTUs

本文也是最初从微生物生态公众号看到的。原文如下: 读文献往往关注的是研究型论文,而容易忽略其他形式的文章。本文是一篇perspective,看完受益匪浅。正好之前写过一些降噪方法的文章,本文...

文献解读—肠道微生物影响PD-1免疫疗法对上皮细胞肿瘤的治疗效果

前言 近年来,越来越多的研究证据表明机体的免疫系统与肠道菌群存在联系,肿瘤和人体肠道菌群的联系一直是肠道微生物研究中的热点,当然我们很多人并不清楚免疫系统到底和机体肠道菌群有着怎...

spf
2018/01/16 11:29
0
监督学习(LDA)和无监督学习(PCA)

之前看到宏基因组学公众号一篇文章,比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord。其中提到LDA是监督学习,PCA是无监督学习。看到这我不禁眉头一皱: 经过资料查找、汇总和理解,...

非约束排序图中被动加入环境因子

之前看以上文献的时候发现了一张比较特殊的图: NMDS中竟然加入了环境因子,这种形式以前没见过。查资料发现这种形式叫“非约束排序图中被动加入环境因子”。 由于原始资料不允许直接转载,直...

2018/01/18 10:23
0
Science (1.19) ——全球土壤细菌图谱介绍汇总

1.19号在Science发表了一篇关于土壤微生物群落的重要研究,A global atlas of the dominant bacteria found in soil。短短一周已经有多个公众号对其进行了解读,先做个勤劳的搬运工: 生物谷...

2018/01/25 23:25
0

没有更多内容

加载失败,请刷新页面

返回顶部
顶部