为何cytoscape总是说我没有java呢

原创
07/29 08:22
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做数据挖掘的朋友们都懂得,cytoscape的出镜率非常高,主要是因为太多人对R语言的掌握程度不好,所以只能是借助cytoscape这样的可视化软件,cytoscape是java语言开发的,也有很多人在cytoscape的基础上面开发插件,而且有一些插件就可以单独发表SCI文章,有点类似于在R语言的平台上面开发R包就可以发文章一样。

因为最近自己购置了一个全新的Windows电脑,所以就系统性的配置了全部的生物信息学相关软件,当然是也包括cytoscape啦。但是遇到了报错,如下:

缺失java的报错

实际上我这个电脑刚刚配置好java,不应该是找不到java啊,如下:

(base) C:\Users\win10>java -version
java version "1.8.0_261"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_261-b12)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 25.261-b12, mixed mode, sharing)

我是在官网下载安装的,全新的,我的下载地址是:https://www.java.com/zh_CN/download/:


实际上,当我们谈论java的时候,很容易搞混JDK,JRE和JVM,我刚开始也以为是JDK,JRE和JVM的问题,我仅仅是安装了jre。所以我又去寻找jdk的下载地址,成功安装了。如果 你的是Linux或者macos操作系统,会稍微有一点点不一样哦。

  • https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html

  • https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk14-downloads.html

本质上都很容易安装,毕竟java已经是很多软件工具的底层依赖了。但是仍然是没有解决问题,所以最后被逼无奈选择了download,主要是怕这个外网软件下载速度问题。

但是令人意外的是,下载速度居然还可以接受,如下:


也算是一个惊喜了,就这样解决了这个不过?又是不明不白的一天,浑浑噩噩就完成了任务解决了bug,唉。

Java中JDK,JRE和JVM之间的关系

摘抄自:https://www.cnblogs.com/iskandar/p/8933340.html

  • JDK(Java Development Kit)是针对Java开发员的产品,是整个Java的核心,包括了Java运行环境JRE、Java工具和Java基础类库。
  • Java Runtime Environment(JRE)是运行JAVA程序所必须的环境的集合,包含JVM标准实现及Java核心类库。
  • JVM是Java Virtual Machine(Java虚拟机)的缩写,是整个java实现跨平台的最核心的部分,能够运行以Java语言写作的软件程序。

如下图:


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