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跨越了6个阶段,我仍然是生物信息学初学者

biotrainee
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发布于 07/08 02:38
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首先非常欢迎大家分享自己与生物信息学/生信技能树的故事!

上一期是:我如何从生物科学到生物信息

这一期是我在朋友圈看到了我们单细胞天地常驻编辑周运来的真情流露,邀请他投稿的我们生信故事会栏目:

下面是周运来的分享

生物信息初学者群像


前几日和伊老师聊天,回忆起自己入门测序数据分析前阶段的个人摸索,我们都感到不堪回首。在回天津的路上读尼采的《人性的,太人性的:一本献给自由精灵的书》,有一章作者回顾希腊哲学之前的哲学家时用到了“前柏拉图古哲学群像“这个词。突然想到,我们非学院出身的生物信息从业者其实有一个共性,可以用某种“群像”来刻画。

我把生物信息初学者群像分为六个阶段:

  • 前生物信息时代
  • 生信技能树时代
  • 输出时代
  • 依然是初学者
  • 在那一切之后
  • 查拉图斯特拉如是说

下面我将依次递进地刻画这个群像。

前生物信息时代

往往是这时候的朋友会觉得:哇,生物信息好厉害啊!他们大部分是进入研究生的时候才开始真正接触生物信息,隔壁实验室的师兄总是很让人羡慕,文章发的也高。听说还要编程,我能学会吗?

对于错过计算机的生物学、农学,环境科学的朋友这点感觉很强烈:我现在要不要学编程?而来自计算机、数学的朋友则开始用生物信息工具做一些有意思的事情了。其中有一部分人,选择相信未来:就算现在不会,也不能代表我以后就不会。于是开始了生物信息之旅。

这段旅程往往是孤独的,刚开始的时候感觉需要学的很多,高通量的知识点,工具的选择,语言的选择。就像在百慕大的某个小岛上突然打开的一扇船窗:那是一个全新的世界。但是也要硬着头皮往前走啊,摸摸索索大半年吧,该试的都试过了,该错过的也都错过了,画出自己的小圈,开始学习。

生信技能树时代

在学习生物信息的路上,有个驿站,那就是生信技能树。当夜深人静时,面对新的困惑我们打开浏览器,搜相关的报错;或者在朋友圈看做生信的朋友转的文章,好想自己实现一把。慢慢的发现很多教程都是出于同一个叫生信技能树的组织。如果你已经发现了这个组织,说明已经过了前期的迷茫期,到了新的阶段了。这时候,跟着生信技能树的公众号,简书,知乎,B站,学到更加系统的生信知识。也进一步感知自己的重点在哪里,懂得了学会先放下一些语言,工具,方向,专注于自己得领域。

生信技能树真的就像一棵树那样,爬上去可以看到远方。在爬的过程中偶遇几颗可口的果子,吃的也是不亦乐乎。发现生信真的可以做很多事情,而且发现,其实并没有那么难。

输出时代

有了一定的知识储备之后,就有身边的同学朋友开始向自己问一些生信的问题,同一个问题重复的多了,就想能不能写下来。随着我国互联网的发展,很多写作平台和社群平台出现了生信的资料。于是自己开始分享自己的学习心得,同时也是输出促进输入。如果你也想加入输出队伍,欢迎点击查看:不要等到进公司才恶补生信技能

分享的最多的是关于编程的,Linux任务管理,生物知识,也开始用生信手段反映一些生物学问题,知道了知识的迁移。

到了输出时代,其实是形成了自己对生信的基本看法,也基本能够接纳自己的现状。一开始并不系统,只是偶尔的写一写,慢慢地,自己的链接之间也产生了链接。逐渐形成自己的知识体系。

依然是初学者

回望来时路,我们大概走过了两三个年头,终于求得生物机理、编程,自己的圈子之间的交集,也可以在自己的工作中应用生物信息学的工具与方法。但是这个时候,我们依然感觉自己还是个初学者,每每有新的技术和算法这样提醒着自己,也感受到这是个快速发展的极其丰富的领域。

这个时候,我们会来到一个平台期,也可以说是高原反应吧。既觉得自己有所掌握,又时不时夜半梦醒被深深的无力感浸润着,可是心中依然装着几个值得研究的问题。这种状态下,我们回进一步思考什么是生物信息学:工具的应用?算法的开发?生物问题的挖掘?我们已经离开哪些大问题:如何学生物信息?该选择哪门语言?单细胞这么火要不要学?

有意思的是这个时候会形成两个极端,外行人看起来我们搞了这么多技术细节分享已经足够厉害了,但是内行人看起来我们仍然是咿呀学语,蹒跚学步。

在那一切之后

人非生而知之,孰能无惑?困惑是人生的常态,也是人一步一步前进,一个一个选择的动力。我们开始知道自己总会面对那几个问题,因为它们总是站在知识的边界。这样我们的知识也因此而变得或紧凑,或广博。终于,我们明白学无止境是常态,要用已有的知识与能力去创造,而此时的我们也有能力去这样做。更加系统的输出以文章、书籍、工具,产品的形式开始丰富人们对生命科学的认识。

这两年我们喜闻乐见国内的生物信息大佬开发出新的软件、数据库、交流平台。这不是一个人的力量,而是一群不断学习,不断突破自己的知识边界的人共有的力量。在我们走过了前期的迷茫,中期的坚守,开始和这个行业更紧密地联系在一起。让我们在自己的圈子里产出更多吧!任凭这个时代发展的多么快。

查拉图斯特拉如是说

逐渐地,我们开始影响身边的三五个人以至某个领域的十几个人,以至给人们对某一问题带来新的视角。这让我想起那个进山修炼,下山传道,阅尽冷暖之后又选择新一轮的修炼和传道的查拉图斯特拉。

在文章的最后,富有哲学意味地,我们来回顾一下这个故事,参考查拉图斯特拉如是说的百度百科:

第一部 : 查拉图斯特拉从隐居到开始说教的精神演变历程

查拉图斯特拉在30岁的时候离开家乡和众人,独自在山上隐居,临近“不惑之年”之时自觉精神充盈饱满,于是下山在群众中宣讲自己的主张。他的说教虽然不被理解和欢迎,但也赢得了一些弟子。在第一部分临近结束之时,查拉图斯特拉跟弟子告别,重返孤独,让大家各寻出路。

第二部:重返孤独的查拉图斯特拉梦见自己的说教被世人歪曲,于是他再次下山拯救弟子

他前往“幸福岛”,对“同情者”、“传教士”、“有道德的人”、“学者”、“诗人”、“预言家”等各类“现代人”进行了尖锐的批判。末尾时他感觉到有一种思想在他心中渐渐升起,这个思想就是全书的核心“永远回归”,但又自感时候未到,于是挥泪离开“幸福岛”,再次返诸孤独。

第三部:从查拉图斯特拉登船返程开始写起,他一路对基督教传统、对旧的道德和现代社会进行猛烈批判

他感到关于“永远回归”的思想正在成熟。

第四部: 终曲

这一部有多种人物粉墨登场,他们是查拉图斯特拉所说的“高人”:“预言者”、“统治者”、“有良心的学究”、“精神魔术师”、“最后的教皇”、“极丑的人”、“自愿的乞丐”和“影子”。查拉图斯特拉一度受到诱惑对这些“高人”的努力表示同情,但最终他超越了同情,因为同情是弱者的道德。在全书结束之际,查拉图斯特拉终于明白,自己追求的不是幸福,而是“事业”,于是他再次离开隐居的山洞,“就像从阴暗的山后升起的晨曦,热烈而强壮”。

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)。
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