samtools flagstat

2018/05/30 10:39
阅读数 68

samtools flagstat命令简介:

        统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示。每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量。以“PASS + FAILED”格式显示。还可以根据samtools的标志位显示相应的内容,但是这里不做讨论。

        命令格式:

                samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram>

        运行flagstat命令得到的结果如下图所示。

        

        从第一行至第十一行分别表示:

        1.  QC pass的reads的数量为2499917,未通过QC的reads数量为0,意味着一共有2499971条reads;

        2.  重复reads的数量,QC pass和failed

        3.  比对到参考基因组上的reads数量;

        4.  paired reads数据数量;

        5.  read1的数量;

        6.  read2 的数量;

        7.  正确地匹配到参考序列的reads数量;

        8.  一对reads都比对到了参考序列上的数量,但是并不一定比对到同一条染色体上;

        9.  一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量; 

        10.  一对reads比对到不同染色体的数量;

        11.  一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。

展开阅读全文
打赏
0
0 收藏
分享
加载中
更多评论
打赏
0 评论
0 收藏
0
分享
返回顶部
顶部