miRNA结合位点预测软件miRanda的使用教程

2019/12/17 22:45
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miRanda的介绍

miRanda 是由著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的,用于预测 miRNA 与其靶基因互作的结合位点。 miRanda 主要强调 miRNA 与靶基因连接位点的进化保守性,亦偏重于以 miRNA 的5′ 端序列搜索靶基因,并采用 RNAFold 计算热力学稳定性。

 

 

 

 

1.miRanda的下载与安装

1 wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz
2 tar -xzvf miRanda-aug2010.tar.gz
3 cd /path/to/miRanda-3.3a4 ./configure --prefix=/path/to/miRandada-aug2010 #--prefix最好设置为当前文件夹的路径
5 make install

2.输入文件的准备

1.获取人类所有的miRNA的fasta文件hsa_miRNA.fa

进入miRBase的官网http://www.mirbase.org/

 

 然后点击browse

 

 

 

然后点击expand all

 

 

 

 然后选择Homo sapiens

 

 

 

 

 

然后再select sequence type这里选择 Mature sequence,接着点击select all,然后点击Fetch sequences就能得到人类所有成熟的miRNA的fasta文件了

2.获取差异的circRNA的fasta文件SFTSV_24vscontrol_circBase.fa

进入circBase的官网http://www.circbase.org/

 

 

 

然后点击list search

 

 

 

在organism选项选择Human (hg19),然后输入circBase的id,就可以得到相关circRNA的fasta文件了

 

3.miRanda的使用

miranda -sc 150 -en -7  hsa_miRNA.fa SFTSV_24vscontrol_circBase.fa >SFTSV_24vscontrol_circ_ miRNA_targeted_prediction.txt  #-sc指定序列比对打分的阈值,小于该阈值的结合位点会被过滤掉;-en指定自由能的阈值,结果必须小于该阈值才可以

从中提取出关键信息

grep '>' SFTSV_24vscontrol_circ_miRNA_targeted_prediction.txt >SFTSV_24vscontrol_circ_miRNA_targeted_prediction_v1.txt

最后得到的文件即为circRNA有可能结合的靶miRNA,最后将结果输入cytoscape画ceRNA网络图。

 

 

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