写在开始：
其实接触这个gromacs软件纯属一个偶然，我也不是搞什么生物医药行业的，是有一个朋友找到我让我看看怎么安装这个软件。总体的感受就是，太为难做生物医药行业的朋友了，还要会不少的计算机知识。
开始吧：
1，我们需要准备一台linux的机器，我就去搞了一台centos7系统，4核的，16g内存，500g硬盘，intell架构的机器。把这个centos装在了虚拟机上。
2，你还要准备安装fftw3【其实我也不知道为什么要装，说是在做某些分子分析的时候，gromacs软件里要用到fftw这个快速傅里叶变换】
3，最后你才能装这个gromacs 软件
开始安装吧
1，虚拟机的安装其实也没什么说的，你在window10下去找一个虚拟机软件，下一个centos镜像，然后在vmwar这种虚拟机里分配下内存和核心就好了。
2，在安装fftw3的时候，遵循的过程是，A，你要去下载fftw3的源码，B，去编译源代码。C，安装【这个安装其实是一个生成可用库的过程】这一步对于不是干计算机的确实有点难。你会碰到各种奇怪的问题，你还要对linux操作比较熟悉才能玩。这个软件的安装编译过程网上有很多，只要记住编译参数记得开启lib包共享和浮点数计算就好，对了还有gpu参数的编译。如果不加入这个gpu确实在后面的md运算的时候等死人。我后面做一个水分子的动力学，用cpu运算花了4个小时才计算完成。
3，gromacs安装 你可以看这个文章安装下 【感谢作者】
开始尝试下 Lysozyme in Water 这个教程吧http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html
