兰州大学超算中心 :应用openEuler实现HPC性能倍增

2023/07/14 18:00
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兰州大学超算中心拥有 1.2P 的高性能计算平台,为学校师生开展高水平科研提供计算支撑。针对学校拥有开展大规模分子动力学、气象学和生命科学模拟需求的群体,兰州大学超算中心团队基于华为鲲鹏全栈软硬件,移植优化生命、气象、分子动力学三大领域的 GROMACS、CP2K、NEMO 等 12 款软件。团队利用开放原子开源基金会的 openEuler 操作系统、毕昇编译器,鲲鹏开发套件中的 Hyper MPI 通信库以及 KML 数学库,提高了这些移植应用软件的计算性能,为生命、医学、气象领域鲲鹏全栈计算架构提供了高效的解决方案。

兰州大学超算中心团队

解决方案

  1. 操作系统版本:openEuler 21.03
  2. 本方案分子动力学模块基于鲲鹏软硬件平台如鲲鹏 920 平台、DevKit 迁移调优套件及 openEuler 毕昇编译器等对分子动力学应用软件 GROMACS,LAMMPS,CP2K,QE 完成迁移和优化。
  3. 本方案生命科学模块对生命科学学重要应用 BUSCO、Falcon、HMMER、RepeatMasker、Trimmomatic 完成从 x86 平台到鲲鹏 ARM 平台的迁移优化,获得了更好的可拓展性和计算效率的提升。
  4. 本方案气象学模块结合鲲鹏 HPC +openEuler 软硬件平台对气象学重要应用 WRF、CESM、NEMO 完成迁移适配,结合鲲鹏优化技术获得更高的计算效率,相比原有 x86 平台,提供更好的计算性能。

客户价值

  1. 实现 openEuler+鲲鹏高性能计算集群部署,助力高校科研创新及人才培养,可以为用户提供多元化算力服务。
  2. 完成了 openEuler+鲲鹏架构在 HPC 气象、生命等领域的生态应用,相较于原 X86 架构计算性能有较大提升。

用户案例征集



openEuler用户案例持续征集中,如果您的项目有在应用openEuler操作系统或openEuler社区技术项目,欢迎联系user@openeuler.sh发布案例。

案例撰写指南:用户案例撰写&投稿指南

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本文分享自微信公众号 - openEuler(openEulercommunity)。
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