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R语言系列:非参数检验

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发布于 2012/11/15 16:26
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1、单样本和两样本的秩和检验
单样本和配对样本检验采用Wilcoxon符号秩检验,两独立样本检验采用Wilcoxon秩和检验(和Mann-Whitney检验等效)。
wilcox.test(x, y = NULL,
    alternative = c("two.sided", "less", "greater"),     #默认双侧检验
    mu = 0,     #单样本检验时,mu为已知总体的中心位置;两样本检验时,为总体之差的中心位置
    paired = FALSE,     #定义是否配对检验
    exact = NULL, correct = TRUE,     #默认样本含量低于50且没有结时,计算精确p值,否则连续性校正
    conf.int = FALSE, conf.level = 0.95)    #是否输出可信区间及其置信水平
例:
x=rnorm(100, 175, 5); wilcox.test(x, mu=180);     #单样本检验
y=rnorm(100, 180, 10); wilcox.test(x, y, paired=TRUE);    #配对样本检验
wilcox.test(x, y);    #两独立样本检验

2、多样本的Kruskal-Wallis秩和检验
kruskal.test(x)    #x是一个列表(!),可使用list(x1, x2, ...)将若干变量包进来

3、频数行列表的检验
chisq.test(x)    #x是一个矩阵,默认对四格表进行连续性校正
fisher.test(x)    #x是一个矩阵,计算确切概率,用于大样本会非常消耗资源

附:
1、可用p.adjust对多重比较的P值进行校正
2、stats包里有几个pairwise.*函数也可用于多重校正,当前包括四个函数:
    pairwise.prop.test
    pairwise.t.test
    pairwise.table
    pairwise.wilcox.test

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